○　制御装置
　ブレーキ制御は電気指令式である。回生ブレーキを主、空気ブレーキを従として、編成全体のブレーキ力を確保する「T車優先遅れ込め機構」を有しており、付随車のブレーキ力を電動車の電気ブレーキ力で可能なかぎり負担する。一部の編成に発電ブレーキ機構を搭載している。また、回生ブレーキが失効した場合でも、その不足分のみを空気ブレーキと発電ブレーキで補うブレンディング制御を採用しており、回生効率の向上と回生失効時における衝動の抑制を図っている。これらのシステムは373系のものを継承している。
　滑走による制動距離の延伸防止及び車輪踏面のフラット発生防止のため、全車軸に滑走検知装置を設け、滑走再粘着制御を行っている。また、冬季降雪時の保安度向上のため、全車に耐雪ブレーキを設置している。

○　その他
　コンプレッサーは、実績の多いレシプロ式を採用しながらも、動力源を交流電動機に変更して騒音低減を図っている。常用最大減速度及び非常減速度は4.3[km/h/s](3次車以降の非常減速度は5.1[km/h/s])となっている。
　保安装置はATS-PT、ATS-STであり、全ての車両にATS-PT関連の機器が搭載されている。また、神領車両区の車両と一部の車両以外にはATS-PTによる踏切制御に用いる列車番号設定器が搭載されている。
　集電装置はC-PS27A形シングルアーム式パンタグラフを搭載している。3次車以降は手動鈎外し装置が取り付けられ、金属すり板タイプのC-PS27B-C1形、カーボン系すり板タイプのC-PS27B-C2形パンタグラフを搭載している。 折り畳み高さは165mmで身延線狭小トンネル対応となっている。